Московский аэропорт «Шереметьево», куда должен был прибыть самолет из Ставрополя, 27 июля не смог принять несколько десятков рейсов из-за грозы, которая бушевала в столице в понедельник.
В связи с непогодой рейс D9 5397 из Ставрополя вылетел не 27 июля в 21.00, как планировалось, а рано утром 28 июля.